金仙观位于西安市长安区子午镇西侧的子午峪内，距离环山公路4公里。子午峪古称子午谷，是长安城通往南方的交通要道，即子午道。近代修建西万公路将起点向西移至沣浴口，古道废弃，但遗留有许多古道遗迹。
    子午谷一带属于古代终南山中段，是道教的洞天福地终南福地，历代都有高道隐居此地修道。公元前2世纪左右，即西汉文帝时期，朝廷在谷内利用自然山峰修建了一座祭祀天神的坛，名为玄都坛，同长安城北方渭北高原上的天齐祠共同构成都城的建筑基线，两个地点与长安城中心同处一条经线，至今分秒不差。“玄都” 为道教名词，指天界神仙居住的地方，一说是道教最高神元始天尊所住的玄都玉京七宝山，一说是指玉皇大帝居住的地方。后来，在终南山修道的隐士们利用这个祭坛，修建了许多道观，分布在坛顶及周围，现在还遗留有多处遗迹。在玄都坛周围的道观，最著名的是金仙观。金仙观即“金刚不坏之仙”，是道教神仙的称谓。因道教神仙起源于西部的昆仑山和西王母，西方属金，故名金仙。唐代长安城内不仅有玄都观，而且有为金仙公主修建成金仙观，同子午谷遥相对应。
    唐代是道教活动的最高峰，子午谷内的道教活动也十分兴盛。诗圣杜甫曾经写过一首诗，赠给他的一位朋友元逸（元丹丘），元逸人就在玄都坛下面隐居修道。诗中描写了子午谷的景色和元逸人修道的情形：
                       故人昔隐东蒙峰，已佩含景苍青龙。
                       故人今居子午谷，独向阴崖结茅屋。
                       屋前太古玄都坛，青石漠漠长风寒。
                       子规夜啼山竹裂，王母昼下支旗翻。
                       知君此计诚长往，芝草琅杆日应长。
                       铁锁高垂不可攀，致身福地何萧爽。
    到公元9世纪中叶，即唐开成、会昌、大中年间，有新罗人金可记留学长安，为“宾贡进士”后不求仕进，隐居子午谷中修道，受道教仙祖钟离权传授内丹术，成为韩国传播道教的第一人。公元858年即唐大中十二年二月二十五日羽化于谷内。生前在谷中种植许多花果，“果峪”之名因此而得。
    金可记仙逝后，有好道者将他的传记同杜甫的诗一起刻写在巨石之上，成为珍贵的摩崖石刻。关于这方石刻的年代，有学者断定为宋代，也有学者认为在唐末。现在此石刻已被切割成移往长安区博物馆收藏。
    子午谷废弃后，谷内道观亦随之减少，加之山洪洗劫，大部分只留遗址，唯玄都坛及金仙观保存至上世纪60年代。
    2004年，应当地村民的请求，由陕西省道教协会副秘书长贾慧法和陕西省社会科学院道学研究中心主任樊光春两位先生发起，得到长安政府有关部门和子午街道办事处以及南豆角、七里坪两村干部群众的大力支持，成立金仙观筹建委员会，四方筹措资金。经过两年建设，金仙观主建筑群已基本竣工，于2006年农历7月26日完成首期工程，并对外开放，以满足各界人士瞻礼的需求。
第二期工程将包括整修玄都坛建设道教文化交流中心。